Müzenin, arkeolojik eserlerin sergilendiği iki büyük salonu bulunmaktadır. Giriş katında yer alan Etnografya salonunda, Çukurova kültürünün önemli bir parçası olan Tarsus ve yöresine ait eserler sergilenmektedir. Salonda, ‘Tarsus Evi’ köşesi oluşturularak geçmiş ev kültürü günümüze yansıtılmıştır.

Müzenin alt katında yer alan Arkeolojik eserler salonu, uzun yıllar Tarsus yöresinde yapılan arkeolojik kazı çalışmaları ve satın alma yolu ile müzeye kazandırılan eserlerden oluşturulmuştur. Müzede Kalkolitik, Tunç ve Demir Çağı, Arkaik, Klasik, Hellenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait eserlerle 7 bin 500 yıllık kültür tarihi ile tamamlanır.